bei truecrypt kann man aber nur eine virtuelle Partition verschlüssel, oder ?
Achtung : dabei kann der Auslagerungsspeicher und Temporare Dateien auf einer unverschlüsselten Platte bleiben - die Systemplatte kann mit TC auch nicht verschlüsselt werden.
Daher hat der Schutz damit eben eine Schwachstelle
Truecrypt kann auch physikalische Partionen und Datenträger (ZIP-Disk, USB-Stick) verschlüsseln, die Systempartition allerdings tatsächlich nicht. Für Otto-Normalnutzer sollte dies aber nicht übermässig negativ auffallen. Die Auslagerungsdatei könnte man theoretisch bei Runterfahren per Eraser o.ä. löschen lassen.
Mit der Windows-Verschlüsselung ist das so eine Krux. Oft genug ließt man in Windows-Foren "Ich hab mein Windows neu installiert und komm jetzt nicht mehr an meine Daten", da die Nutzer häufig vergessen die Schlüssel vor einer Neuinstallation zu sichern. Besonders unerfahrenen Nutzern würde ich deshalb das EFS nicht empfehlen.
Professionelle Nutzer sollten natürlich ein Tool nutzen, dass auch die Systempartition verschlüsselt. Aber für Windows ist mir eine Freeware nicht bekannt.